Osobitná škola v Toporci začala písať svoju samostatnú históriu 1.9.1989, v zmysle zákona Slovenskej národnej rady č.79/1978 Zb. o štátnej správe v školstve. V tomto roku mala 4 triedy vrátane alokovaných tried v Jurskom a Podhoranoch. Riaditeľkou školy bola Mgr. Viera Gablerová. Škola sa 1.1.1997 stala samostatnou rozpočtovou organizáciou s právnou subjektivitou.

1.9.2000 došlo k zmene názvu z osobitnej školy na Špeciálna základná škola v Toporci.

1.7.2009 bola do funkcie riaditeľky menovaná Mgr. Iveta Šebeňová.

V tomto školskom roku má škola 93 žiakov, ktorí sú rozdelení do 11 tried. Výučbu zabezpečuje 11 učiteľov a 3 asistentky učiteľov.

Zriadovateľom školy je Okresný úrad v Prešove, odbor školstva.

Špeciálna základná škola je plne organizovaná so všetkými ročníkmi a variantmi A,B,C.